대원군은 집권한 후 서원에 대한 정리 작업을 시도하였다. 서원에 대한 대책은 인조(仁祖) 22년 경상감사 임사담(林土覃)이 서원의 폐단을 제시한 이래 정부에서는 서원의 설립에 있어서 적극적으로 개입하게 되었다. 그러나 효종대 이후 서원에 대한 대책은 산림(山林)들이 정치의 전면에 등장하면서 적극적인 장려책으로 전환되었다. 숙종대 접어들면서 서원의 남설(濫設)은 당파적 이해로 말미암아 심각한 수준에 이르러 결국 숙종 39년 원우(院宇)의 첩설금지와 아울러 사건(私建)된 서원은 훼철하도록 하였다. 그러나 숙종대의 서원대책은 처음부터 당파적 이해와 밀접히 연관되어 나타났으며, 그렇기 때문에 계속적으로 창건금지령과 훼철령이 나왔음에도 불구하고 집권세력의 정치적 목적을 위해 사기(士氣)를 앙양한다는 명분으로 첩설(疊設)과 남설(濫設)이 용인되고 사액이 남발되었던 것이다. 영조는 경신처분(庚申處分)(영조 16년:1740)을 단행하면서 본격적으로 탕평정치를 도모하였다.

당시 서원은 당파의 연수(淵藪)로 자파의 세력을 확충하기 위한 기관으로 변질되었다. 따라서 당시 서원은 유생의 당론의 근거가 되었다. 영조 17년 당시 훼철된 서원 ‧ 사우는 173개소에 달할 정도였다. 영조 대의 서원 훼철은 일시적이고 표면적인 것에 그침으로써 근본적인 문제점은 극복되지 않고, 국가통치력이 흔들리는 19세기에 들어가면 그 폐단은 더욱 악화되었다.

따라서 대원군은 집권하면서 서원에 대한 대책을 숙고하였다. 고종 2년 3월 당시 원사 중 가장 영향력이 컸던 만동묘의 철폐를 단행함으로써 전면적인 서원철폐에 앞서 노론 세력의 약화와 민생의 회복을 도모하였다.

만동묘 폐지 과정에서 유생들의 반발을 묵살한 대원군은 고종 5년(1868) 대원군 분부를 통하여 전국의 미사액 서원을 철폐하고, 서원의 소유 토지는 속공(屬公)하거나 유림들의 소유로 돌아가기도 하였다. 고종 5년의 미사액 원우(院宇)에 대한 훼철은 상당한 반발을 받았지만, 대원군은 서원의 철폐에 있어서 강경한 입장을 고수하였다. 한편 고종 5년 미사액 원우를 혁파하면서 정부는 사액서원에 대해서도 일정한 조치를 취하고 있었다. 원생의 정원을 준수할 것, 서원의 신설을 금지하고 사액서원에 추배하는 것만 허락한다는 것, 서원의 원장은 수령이 맡도록 한다는 것 등의 조치를 발령하였다. 이는 그대로 실행되었다. 이러한 조치는 고종 8년 전면적인 서원 혁파의 전 단계였다. 결국 고종 8년 3월 전국의 47개 서원만 존치(存置)하고 나머지 서원은 모두 혁파하였다.

그러나 당시 서원의 훼철과 존치의 명분이 뚜렷하지 않아, 당시 높은 벼슬에 있던 후손이 있는 경우 존치될 수 있었다는 혐의가 있었다. 때문에 대원군의 서원철폐 정책은 당시 유림들의 극렬한 반발을 받았다. 상주권 서원 중 수서원의 위치에 있었던 도남서원도 훼철의 대상이 되었다. 그로 인하여 영남에서는 서원의 훼철을 막기 위하여 유소(儒疏)를 준비하였다.